È considerato uno dei pionieri della cooperazione in Italia.
Francesco Viganò era profondo conoscitore delle prime formulazioni organiche della cooperazione, che vide mettere in opera durante il lungo soggiorno inglese, tanto da volerle integralmente adottare nella Società degli operai tessitori di Como, considerata la prima cooperativa di consumo rochdaliana della penisola (1865).

Egli stesso (con l’ausilio intellettuale di Jacopo Virgilio), l’anno prima e proprio di ritorno dall’Inghilterra, era stato ispiratore dello statuto della prima società di distribuzione ligure, la Società di produzione e consumo di Sampierdarena (1864), lontana antenata dell’attuale CoopLiguria. La sua opera principale, scritta nel 1873, dal titolo La fratellanza umana ossia le società di mutuo aiuto cooperazione e partecipazione ed i municipi cooperativi, esponeva i principi dell’azione cooperativa e raccoglieva diverse esperienze europee, in particolare quelle inglesi.

Scriveva:
“Non v’ha che un mezzo per prevenire il socialismo, e cioè che le classi elevate si dedichino al bene delle classi inferiori, altrimenti è inevitabile la guerra sociale”.

Ne La fratellanza umana ossia le società di mutuo aiuto cooperazione e partecipazione ed i municipi cooperativi (Milano, 1873) precisa il concetto di mutualità:
“La mutualità per rendersi efficace deve essere utile non solo ai soci ma direttamente o indirettamente alla società intera. Questa è condizione essenziale di esistenza. Perciò governi e municipi, ricchi e scienziati, filantropi e sacerdoti, amici dell'umanità e della giustizia, ricchi e poveri debbono incoraggiare ovunque colla parola e l'opera, in ogni modo, l'impianto delle società di mutuo soccorso che sono l'officina in cui si prepara il mondo avvenire”.

Nominato direttore della rivista “La cooperazione italiana”, sul primo numero del 1 gennaio 1887 scriveva:
“La cooperazione, voi lo sapete meglio di me, è basata sull’aiuto di se stessi: i lavoratori hanno creato i consorzi di mutuo soccorso, donde scaturì il mistico albero della cooperazione. E questi sodalizi venuti dal fondo della società lavoratrice, svegliatasi alla colonna di luce apparsa per gli eventi della fine del secolo scorso, proclamando le tre parole “fratellanza, libertà, eguaglianza” sorsero e si organizzarono in Inghilterra, in Germania, In Italia, in Francia, nel Belgio e quasi in tutta Europa, sotto varie forme. Benedetta la cooperazione che redime e che affratella!”

Fu una teorizzazione utile anche per la comprensione delle diverse vie possibili per l’agire cooperativo: cooperative di consumo, di credito, di produzione e lavoro, società alimentari. La cooperazione per Viganò era il futuro della società e delle classi operaie, in risposta a un ideale di armonia e coesione sociale.

Oltre all’opera di teorizzazione, Viganò fu attivo anche a livello pratico: a Como creò un magazzino di previdenza su modello di quello di Rochdale e fondò, insieme a Luigi Luzzatti, la Banca Popolare, in particolare quella di Milano nel 1864.